احتضن الضريح قبر الوالي عقبة بن نافع. وبعد مرور 350 سنة على وفاته، شهدت البناية عدة أشغال ترميم وتزيين مثل الباب الرئيسي الذي صنع في العهد الفاطمي من الخشب المنقوش، وهي تحمل شبها كبيرا بأخشاب جامع القيروان التي أنجزت تحت حكم المعز( 1016-1062). الباب غني بالتوريق والزخارف تذكر بالشرائط المظفورة والمطروزة. بعض تفاصيل هذا الزخرف مثل السعيفات الكثيفة والممددة تتواجد في الأبواب الجانبية ومحراب جامع قرطبة. تزين نقيشة جنائزية على الرخام ساكف الباب المزخرف بغصينات وألواح مستطيلة ذات حاشية مزدوجة مقطوعة بلوح مربع وأخريان على شكل مربع منحرف تغطيها سعيفات مثلثة ومتدلية ، مثل ما يكون عليه الحال في أفاريز الأبواب العتيقة.

تتخد الغرفة الجنائزية شكلا مربعا وتغطيها قبة. وهي تقع في الركن الجنوبي الغربي للمسجد. تحت حكم المعز بن باديس زين الضريح على طراز الخزانة التي أهداها الأمير الزيري لجامع القيروان. كتبت على قبر الضريح نقيشة هي الوحيدة في الجزائر التي تعود للفترة الزيرية وهي شبيهة من حيث الخط بالنصب الجنائزية القيراونية التي تعود لحوالي 1025.

تقع الصومعة في الركن الجنوبي الغربي لقاعة الصلاة، وهي تتكون من برج مستطيل تتخلله لوحات متراكبة وينتهي بشرفات وتتشكل زخارفها من نوافذ مسدودة وأخرى مفتوحة تعلوها عقود دائرية متداخلة. وبإحدى الأروقة المحيطة بالمسجد قرب المدخل الرئيسي، يوجد حجر اسود يذكر بذلك الموجود بالكعبة المشرفة بمكة.